流式细胞法尿沉渣分析仪是目前自动化程度最高、分析速度最快的尿沉渣仪(每个样品约需72秒钟)。然而，它也存在着明显不足之处：
- 无法区分小圆上皮细胞的类别(如肾小管上皮细胞、中层和底层移行上皮细胞等)，必须离心染色镜检才能区分；
- 只能检测出透明管型和标出有病理管型的存在可能，只有通过离心镜检，才能确认是那一类管型；
- 仪器对酵母细胞、精子细胞和结晶有标记时都应离心镜检，才能真正区分；
- 不能提供尿沉渣的真实形态图，而是散射图和直方图。
所以，专家们的共识是：干化学尿液分析仪、流式细胞法尿沉渣分析仪等均只能作为尿液分析的筛选手段，而只有显微镜检查是最终的。
用户对选择流式细胞法尿沉渣分析仪持谨慎态度的另一些原因是：
- 仪器价格昂贵，而且日常使用成本也过高，光是试剂成本就高达6.5元/人份；
- 仪器的使用、维护较复杂；
- 容易发生交叉污染、阻塞等现象。
流式细胞法尿沉渣分析仪适用于标本量非常大的医院，作为尿沉渣筛选检查设备，对有疑问的标本进一步进行显微镜检查是不可避免的。
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